200 anni sono passati da quando Ripley ha commesso l'estremo sacrificio su Fiorina 161. Durante questi anni e dopo sette terribili fallimenti, gli scienziati sono finalmente riusciti a clonare una copia perfetta di Ripley - una copia che include la Regina aliena che stava crescendo dentro di lei al momento della sua morte. E poiché il clone di Ripley è perfetto, gli scienziati decidono di tenerla in vita per analizzarla. Ma la nuova razza di alieni nata dalla Regina di Ripley è molto più intelligente dei suoi predecessori - una circostanza sfortunata di cui gli scienziati non si rendono conto fino a quando l'equipaggio della Betty arriva con nutrimento ulteriore per gli alieni, sotto forma di un gruppo di umani rapiti.
Nel 2525 la giovane Ellen Ripley, combattivo ufficiale, va a schiantarsi con la navetta spaziale ed alcuni compagni (che moriranno tutti) su Fiorina 161, uno sperduto pianeta che un tempo ospitava una colonia penale ed ora ospita, in espiazione, un gruppetto di assassini radiati dal mondo, riuniti in una strana confraternita di mistici. Ripley (rapata a zero essendovi sul posto milioni di pidocchi) deve affrontare i galeotti, ma ha grinta e cinismo e se la cava. Però cova in se un timore: con lei è sbarcato un alieno ed il timore si fa certezza quando la donna si accorge che costui è entrato nel suo stesso corpo, anzi che i mostri sono di fatto due, uno in giro negli immensi e tetri sotterranei della colonia, l'altro in via di proliferazione (addirittura una larva regina), destinato a contagiare l'universo interno. Poichè il feto è ancora nel ventre di Ripley, l'alieno vivente la rispetta, ma in compenso comincia a straziare e a uccidere gli uomini. Nei sotterranei e nei depositi, tutta o quasi l'antica tecnologia è distrutta o inutilizzabile, le batterie sono scariche e gli uomini devono lottare con le mani e le torcie contro il buio e il mostro. Uno dopo l'altro sono fatti a pezzi, compreso Clemens (il medico della comunità, innamoratosi della donna) e così il negro Dillon, Golic, il governatore Andrews. La navicella dei soccorritori arriverà solo dopo una settimana, ma Ripley ha compreso ben presto che la "Compagnia" che tutto sovrasta e domina non pensa affatto di sopprimere i mostri, ma di utilizzarli per scopi scientifici. Nell'orrore della situazione, rinserrando la bestiaccia nel sottosuolo con la chiusura di alcune porte, la donna, aiutata dai superstiti compagni, riesce ad eliminare il mostro con una colata di piombo fuso accompagnata da cascate d'acqua. Per eliminare per sempre la sua prole, che ancora reca nel ventre, Ripley si uccide gettandosi nella fornace.