Mort Rainey è uno scrittore di successo che sta attraversando un momento difficile a causa dello sgradevole e complicato divorzio da sua moglie, che gli ha provocato anche uno spaventoso blocco creativo. Un giorno, mentre è convinto di aver toccato il fondo e che le cose per lui non possano andare peggio, uno sconosciuto psicopatico che lo accusa di avergli sottratto l'idea per un libro bussa alla sua porta e per Rainey è l'inizio di un incubo...
Gli agenti J e K sono tornati indietro nel tempo. Nel corso dei suoi 15 anni fra i Men in Black, J ha visto delle cose inimmaginabili, ma nulla, nemmeno gli alieni, è riuscito a sorprenderlo tanto quanto il suo enigmatico e reticente partner. Ma quando la vita di K e il destino del pianeta sono messi a rischio, l'agente J dovrà tornare indietro nel tempo per sistemare le cose. J scoprirà che ci sono segreti nell'universo che K non gli ha mai rivelato - segreti che verranno alla luce nel momento in cui si unirà in squadra con un giovane agente K per salvare il suo partner, l'agenzia e il futuro dell'umanità.